El museo nació en 1842 por una iniciativa de 50 familias de la élite de la ciudad, que deseaban tener un lugar para conservar a sus familiares. En 1999, por su riqueza patrimonial y artística, fue nombrado Patrimonio Cultural de la Nación.

El Cementerio San Pedro es el campo santo más tradicional de Medellín. En los patios y zonas de allí, se encuentran obras artísticas emblemáticas de Europa, plasmadas en esculturas y monumentos, por los reconocidos artistas de la época: Bernardo Vieco, Marco Tobón Mejía, Melitón Rodríguez y Agustín Goovaerts. La belleza del lugar se puede apreciar en una visita guiada, mientras se descubre el misticismo que hay alrededor de este lugar.